Mączka sojowa jest najczęściej stosowanym alternatywnym źródłem białka dla mączki rybnej w diecie ryb i krewetek, ze względu na jej wysoce przyswajalne profile białek i aminokwasów.
Cena mączki sojowej jest również znacznie niższa niż cena mączki rybnej, co sprawia, że dieta oparta na paszy sojowej jest bardziej ekonomiczna i opłacalna dla hodowców ryb. W porównaniu do posiłków z białkami zwierzęcymi mączka i śruta sojowa zawierają bardziej spójne poziomy białka i aminokwasów. Mączka sojowa jest jednym z głównych źródeł białka w paszach dla ryb i zwierząt hodowlanych i jest zwykle sprzedawana na podstawie zawartości białka. W zależności od przetwarzania w kruszarni usunięcie łusek zwiększy zawartość białka, dlatego obłuszczona mączka sojowa powinna mieć wyższą zawartość białka niż niełuskana mączka sojowa. Konieczne jest zatem zmierzenie zawartości błonnika w śrucie sojowej w celu rozróżnienia między obłuszczonym i niełuskanym produktem. Mielona śruta sojowa zwykle zawiera maksymalnie 4 procent surowego błonnika, podczas gdy niełuskana śruta sojowa zawiera więcej błonnika i może osiągnąć 7 procent.
Mniej błonnika i popiołu przekłada się nie tylko na wyższej jakości łatwo przyswajalne białko, ale także na wyższą energię, lizynę, metioninę i inne aminokwasy.
Mączka sojowa jest bardzo smaczna dla większości ryb żyjących ciepłej wodzie. Śruta oraz mąka sojowa są używane do karmienia ryb i zwierząt od wielu lat. Dzięki odpowiedniej formule paszy z wykorzystaniem śruty sojowej wraz z innymi źródłami białka roślinnego możliwe było opracowanie diety bez podawania mączki rybnej dla ryb hodowlanych w warunkach hodowli stawowej. Mączkę rybną można całkowicie zastąpić mączką sojową dla ryb słodkowodnych, ponieważ jest chętnie spożywana i wysoce przyswajalna oraz zawiera dużo białka i ważnych dla organizmów żywych składniki odżywcze. Produkty sojowe stosowane do karmienia ryb powinny być integralną częścią każdej ekologicznej farmy akwakultury.